De gisting kan op verschillende manier geschiedden. Alle methodes hangen echter af van de manier waarop de bonen uit de peulen worden verwijderd en het ophopen van de bonen.
Het ophopen van de bonen is belangrijk omdat micro-organisme zo de kans krijgen om zo de pulp rond de bonen te laten gisten.
Op kleine boerderijen gebruikt men doorgaans bladeren van de bananenboom om de hopen in te sluiten. Het gisten duurt gewoonlijk ongeveer vijf dagen en de meeste boeren zullen de bonen op de tweede of derde dag mengen.
Een andere manier is het gebruik van manden die men op een rij zet met bladeren erover. Ook kunnen kuilen of gleuven in de grond worden gebruikt, maar dan kunnen de sappen niet worden afgevoerd.
Op plantages of gisterijen gebruikt men meestal grote houten kratten. De kratten moet wel voorzien zijn een luchtinvoer en een afvoersysteem om de vloeibare pulp af te voeren.
De kratten hebben een afmeting van 1 tot 1,5 meter lang, 1 meter breed en 25 tot 50 centimeter hoog. De plantages gisten meestal zes of zeven dagen.
De manden of kratten kunnen worden afgedekt om de warmte die tijdens het gisten vrijkomt te behouden. De inhoud van de kratten worden met de dag doorgeschoven naar de volgende krat om ervoor te zorgen dat alle bonen even lang gisten en om te ventileren.
In sommige gebieden, voornamelijk waar er zuurrijke bonen worden geproduceerd, worden de bonen geplet voordat het gistingsproces begint om de hoeveelheid pulp te verminderen en voor betere ventilatie van de bonen om zo de zuurheid te verminderen.
Het gistingsproces begint met de groei van de micro-organismen. De gist groeit voornamelijk op de pulp die de bonen omringt. Insecten zoals het fruitvliegje of de azijnvlieg zijn waarschijnlijk de oorzaak van de overdracht van micro-organismen aan de hopen bonen. De gist zet de suikers in de pulp die de bonen omringt om in ethylalcohol. Bacteriën beginnen dan te oxideren en de ethanol wordt azijnzuur en vervolgens kooldioxide en water. Ondertussen stijgt de temperatuur onder de bladeren. De pulp begint af te breken en zal wegvloeien tijdens de tweede dag van het gistingsproces.
Er zijn twee chemische activiteiten werkzaam. Melkzuur wat alcohol omzet naar melkzuur in zuurstofarme omstandigheden en azijnzuur die alcohol omzet naar azijnzuur dmv oxidatie. Wanneer het azijnzuur actiever de alcohol oxideert zal er meer zuurstof ontstaan waardoor de melkzuur reactie stopt.
De temperatuur zal oplopen tussen 40oC en 45oC tijdens de eerste 48 uur van het gistproces. In de overige dagen zal de bacteriële activiteit aanhouden onder zuurstofrijke omstandigheden zolang de pulp afgevoerd blijft en de temperatuur gehandhaafd. Het omkeren of omscheppen van de bonen bevorderd de bacteriële activiteit door de ventilatie.
Het azijnzuur en de hoge temperaturen doden de cacaoboon op de tweede dag. Het doden van de boon veroorzaakt het breken van celwanden in de boon en afgezonderde substanties worden gemixt. Dit veroorzaakt complexe chemische reacties in de boon zoals enzymen activiteit, oxidatie en de afbraak van proteïnes in aminozuren (organische verbinding waaruit eiwitten zijn opgebouwd). Deze reacties zorgen voor de smaak en kleur van de chocolade die er uiteindelijk van gemaakt gaat worden.
Het gisten varieert per boontype. Criollo bonen hebben 2 tot 3 dagen nodig. Forastero bonen gisten in een dag of 5.
Na het gisten worden de bonen gedroogd. De oxidatiereacties die door gisting zijn begonnen gaan tijdens het drogen verder.